Hver dag dør 27 000 barn under fem år. Feilernæring og sykdommer som malaria, lungebetennelse, diaré og aids fratar disse barna muligheten til å vokse opp. SOS-barnebyer støtter aktivt FNs tusenårsmål om å redusere barnedødeligheten og bekjempe utbredte sykdommer.Sykdom er både årsak til fattigdom og en konsekvens av fattigdom. Små barn er spesielt sårbare overfor sykdommer fordi de ikke har utviklet et godt immunforsvar. De vanligste dødsårsakene blant små barn er lungebetennelse, malaria og diaré. De dramatiske konsekvensene av mange sykdommer kunne vært forhindret gjennom forebyggende tiltak og riktig informasjon og behandling.
Redusere barnedødelighet og sykdom
FNs tusenårsmål for helse tar sikte på blant annet å redusere barnedødelighet og svangerskapsrelatert dødelighet, og begrense spredning av hiv og aids og andre utbredte sykdommer. Utfordringene knyttet til disse målene er størst i landene i Afrika sør for Sahara og i deler av Asia.
SOS-barnebyers medisinske sentre tilbyr medisinsk behandling og veiledning. Hensikten er å forbedre lokalbefolkningens, og spesielt vanskeligstilte familiers, generelle helsesituasjon.